💼 編集部レビュー｜個人事業主の電子申告を実検証
📌 この記事の立場
e-Taxと会計ソフト連携での電子申告を、個人事業主・小規模法人の実務目線で整理しました。手順・料金は2026年6月時点。最新の仕様や控除要件は国税庁および各社公式でご確認ください。
確定申告の季節になると、毎年「結局どのやり方が一番ラクなんだろう」と迷ってしまう、という声をよく聞きます。
紙で書くのも手間ですし、e-Taxの画面に数字を一つずつ手入力するのも、それはそれで疲れます。
結論を先に書いておくと、freeeやマネーフォワードといった会計ソフトとe-Taxを連携させてしまうのが、いまのところ一番現実的だと感じています。
日々の取引を入力しておけば、申告書の数字は自動で埋まり、最後はソフトの画面からそのまま電子送信できます。青色申告特別控除65万円の要件も、この方法なら自然に満たせます。
この記事では、連携の全体像から、freee・マネーフォワード・やよいそれぞれの手順、つまずきやすいポイント、そしてAI議事録のような周辺ツールまで、自分なりに整理してみました。紙とe-Tax直接入力との違いも正直に書いています。
この記事を読むとわかること
- 会計ソフトとe-Taxを連携する「全体の流れ」
- freee・マネーフォワード・やよいの具体的な申告手順
- マイナンバーカード方式とID・パスワード方式の違い
- 65万円控除を取りこぼさないための条件
- 会計ソフトを選ぶときの比較ポイントと料金
なぜ「e-Tax × 会計ソフト連携」が現実解なのか
確定申告のやり方は、大きく分けて三つあります。紙で提出する、e-Taxに直接入力する、会計ソフトから電子申告する。この三つです。
それぞれに向き不向きがありますが、取引の数がある程度ある個人事業主にとっては、三つ目がもっとも手間が少ないと考えています。理由はシンプルで、一度入力したデータを使い回せるからです。
3つの申告方法をざっくり比較
| 方法 | 手間 | 65万円控除 | 向いている人 |
|---|---|---|---|
| 紙で提出 | 大きい | 不可(最大55万円) | 取引がごく少ない人 |
| e-Tax直接入力 | 中 | 可 | 取引が少なく自分で計算できる人 |
| 会計ソフト連携 | 小さい | 可 | 取引が毎月発生する人 |
「紙だと青色申告特別控除が最大55万円までで、65万円にするにはe-Taxでの電子申告(または電子帳簿保存)が必要」というのは見落としがちなポイントです(出典: 国税庁)。差額10万円分の控除は、税率によりますが数千円〜数万円の節税につながります。
控除10万円の差は意外と大きい
連携電子申告の全体像｜まずは流れをつかむ
細かい操作の前に、全体の流れを一度つかんでおくと、どのソフトを使っても迷いにくくなります。やることは、大きく次の5ステップです。
- 会計ソフトで日々の取引を入力・記帳する(銀行・クレカ連携で自動取込も可能)
- 決算・確定申告メニューで申告書を作成する(数字は自動集計)
- e-Taxにログインする準備をする(マイナンバーカード or ID・パスワード)
- 会計ソフトからe-Taxへ申告データを送信する
- 受信通知を確認して控えを保存する
ポイントは、3番目の「e-Taxにログインする方法」を先に決めておくことです。ここでつまずく人がいちばん多い、という印象があります。
マイナンバーカード方式 と ID・パスワード方式
| 項目 | マイナンバーカード方式 | ID・パスワード方式 |
|---|---|---|
| 必要なもの | マイナンバーカード+読取対応スマホ/ICカードリーダー | 税務署で発行したID・パスワード |
| 事前準備 | カード取得済みならすぐ | 税務署で本人確認・発行が必要 |
| 位置づけ | 本来の推奨方式 | 暫定的な方式(将来見直しの可能性あり) |
| おすすめ度 | ◎ 長く使うなら | ○ 今すぐ・カードが無いなら |
迷ったらマイナンバーカード方式
freee会計でe-Tax連携して申告する手順
まずはfreee会計です。簿記の知識が浅くても、質問に答えていく形で申告書ができるのが特徴です。電子申告にも標準で対応しています。
freeeでの申告ステップ
- 左メニューの「確定申告」を開く
- 基本情報・収支・控除を画面の質問に沿って入力する
- 「電子申告(e-Tax)」を選択する
- マイナンバーカード方式の場合はfreee電子申告アプリ(またはスマホ連携)を使ってカードを読み取る
- 内容を最終確認し、「送信」を実行する
- 受信通知を確認し、申告書控えをPDFで保存する
freeeの場合、デスクトップ用の電子申告アプリを別途インストールする方式が用意されています。Windows・Macどちらにも対応していますが、初回はこのアプリの設定で少し時間がかかることがあります。申告期限の直前ではなく、数日余裕を持って一度試しておくと安心です。
freeeでつまずきやすい点
マネーフォワード クラウド確定申告で連携する手順
次にマネーフォワード クラウド確定申告です。銀行・クレジットカードの自動連携に強く、複数事業や他のバックオフィス機能とまとめたい人に向いています。
マネーフォワードでの申告ステップ
- 取引を登録し、「決算・申告」→「確定申告書」を開く
- 基本情報・所得・控除を入力して申告書を完成させる
- 「電子申告」メニューに進む
- マネーフォワード クラウドの電子申告用ソフト/アプリを経由してe-Taxへ接続する
- マイナンバーカードまたはID・パスワードで認証する
- 送信→受信通知を確認→控えを保存する
マネーフォワードは、口座やカードを連携しておくと取引明細が自動で取り込まれます。日々の入力負担を減らしたい人にとっては、ここが一番のメリットだと思います。
自動連携は「仕訳の確認」が前提
やよいの青色申告 オンラインの場合
「とにかく安く、シンプルに始めたい」という人にはやよいの青色申告オンラインも選択肢になります。初年度の料金が抑えめなプランが用意されているのが特徴です。
やよいも電子申告に対応していて、専用の「弥生 申告」アプリを通じてe-Taxへ送信する流れです。画面が落ち着いていて、会計ソフトを初めて触る人でも迷いにくい、という声を聞きます。
- 取引を入力し、確定申告メニューで申告書を作成する
- e-Tax連携(電子申告)を選択する
- 専用アプリでマイナンバーカードを読み取り、認証する
- 送信し、受信通知と控えを保存する
3ソフトの料金・特徴を比較
どれを選ぶか迷ったとき用に、ざっくり整理しておきます。料金は税込・年額のおおよその目安で、プランやキャンペーンで変わります(出典: 各社公式)。
| ソフト | 年額の目安 | 強み | こんな人に |
|---|---|---|---|
| freee会計 | 1.2万〜3万円台 | 簿記知識が浅くても進めやすい/質問形式 | 会計が苦手・初めての人 |
| マネーフォワード | 1.2万〜3万円台 | 自動連携・他機能との統合 | 取引が多い・効率重視の人 |
| やよいの青色申告 | 初年度無料〜1万円前後 | 低コスト・画面がシンプル | コスト最優先・小規模な人 |
選び方の私見
なお、会計ソフトの利用料は事業の経費として計上できます。年1〜3万円程度の支出ですが、毎年の作業時間を考えると元は取りやすい部類だと感じています。
申告まわりをもっとラクにする周辺ツール
会計ソフト連携で申告自体は軽くなりますが、その手前の「日々の事務」を減らすと、確定申告の負担はさらに下がります。実務でよく組み合わせるものを挙げておきます。
電子契約・電子帳簿保存はfreeeサインで
請求書や契約書を紙でやり取りしていると、保管も検索も大変です。電子契約サービスを使えば、締結から保存までデジタルで完結します。会計をfreeeで揃えているなら、同じ系列のfreeeサインだと取り回しがしやすいと感じます。
電子帳簿保存法への対応という観点でも、契約・請求まわりをデジタルにしておくと、後から書類を探す手間が減ります。
打ち合わせ・取材はAI議事録で記録
クライアントとの打ち合わせが多い人は、AI議事録ツールを使うと議事メモ作成の時間が大きく減ります。Nottaやtl;dvあたりが定番で、録音から文字起こし・要約まで自動でやってくれます。
「言った言わない」を避けつつ、後から作業内容を経費・売上の根拠として振り返るときにも役立ちます。申告に直結はしませんが、事業の記録を残すという意味では地味に効いてきます。
ツールは増やしすぎない
つまずきやすいポイントと事前準備チェック
最後に、連携電子申告で実際にハマりやすいところを、チェックリスト形式でまとめておきます。申告期の直前ではなく、前もって潰しておくのが一番のコツです。
- マイナンバーカードの署名用電子証明書(パスワード)を覚えているか(5回間違えるとロック)
- スマホのマイナポータルアプリ、または会計ソフトの電子申告アプリが最新版か
- ICカードリーダーを使う場合、ドライバが正しく入っているか
- 銀行・クレカ連携の取引が正しい勘定科目になっているか
- 送信後に受信通知を確認し、控えPDFを保存したか
電子証明書のパスワードロックに注意
ここまで読んで「思ったより準備があるな」と感じたかもしれません。ただ、最初の年に一度設定してしまえば、翌年からはほぼ送信ボタンを押すだけになります。初回の手間と、毎年の手書き計算を天秤にかけると、連携に倒しておく価値はある、というのが正直なところです。
よくある質問(FAQ)
Q. e-Taxと会計ソフトの連携は無料でできますか?
e-Tax自体の利用は無料です。会計ソフトは有料(年1〜3万円程度)が中心ですが、やよいのように初年度無料のプランもあります。ソフト代は事業の経費に計上できます。
Q. マイナンバーカードが無くても電子申告できますか?
ID・パスワード方式なら可能です。税務署で本人確認のうえIDを発行してもらえば、カードなしでも送信できます。ただし暫定的な方式とされているため、長く使うならカードの取得をおすすめします。
Q. 会計ソフト連携なら65万円控除は受けられますか?
受けられます。65万円控除には複式簿記での記帳とe-Taxでの電子申告(または電子帳簿保存)が要件です。会計ソフト連携はこの両方を自然に満たせます(出典: 国税庁)。
Q. freeeとマネーフォワード、どちらが申告はラクですか?
電子申告の手順自体はほぼ同等です。会計が苦手なら質問形式のfreee、口座・カードの自動連携を重視するならマネーフォワードが向いています。無料期間で両方触って決めるのが確実です。
Q. 送信したのに反映されているか不安です。確認方法は?
e-Taxの「受信通知(メッセージボックス)」で受付状況を確認できます。会計ソフト側にも送信完了の表示が出るので、受信通知の確認と控えPDFの保存をセットで行えば安心です。
まとめ｜初回だけ設定すれば、翌年からはほぼ送信だけ
e-Taxと会計ソフトの連携は、最初こそカード読み取りやアプリ設定で少し手間がかかります。ですが、一度通してしまえば、翌年からは入力済みのデータをもとに送信するだけになります。
紙やe-Tax直接入力と比べて、65万円控除を取りこぼしにくいのも大きな利点です。会計が苦手ならfreee、自動連携重視ならマネーフォワード、費用最優先ならやよい、という軸で一つ選び、申告期より前に一度ログインテストまで済ませておく。これが一番つまずかない進め方だと考えています。
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